توسعه الگوریتم رایانه ای برای آنالیز ژن ها - ساعت اینترنت

به گزارش ساعت اینترنت، دانشمندان علوم زیست شناسی موسسه پلی تکنیک فدرال لوزان در سوئیس الگوریتمی رایانه ای ایجاد نموده اند که می تواند توالی ژن ها را بدون احتیاج به میکروسکوپ به یک الگوی مکانی تبدیل کند.

این الگوریتم برش نگار(Tomographer) نام دارد. این کلمه از واژه برش نگاری گرفته شده و به نمایش سطح مقطع یک جسم سه بعدی اشاره دارد.

برش نگار

با استفاده از این روش جدید بافت ابتدا در امتداد محوری معین به سطح مقطع متوالی بریده می گردد. سپس هر یک از آنها در زوایای مختلف برش داده می شوند. سپس سلول های برش ها جدا می شوند تا اسید ریبونوکلئیک پیغام رسان(mRNA) کل آنها جمع آوری گردد. هر آر.ان.ای پیغام رسان مربوط به ژنی است که در سلول فعال است. اندازه گیری های برش ها به عنوان اطلاعات ورودی در الگوریتم برش نگار مورد استفاده قرار می گیرند. سپس این اطلاعات الگوهای بیان ژن مکانی را در داخل بافت بازسازی می نماید.

بیان ژن

بیان ژن به بیان یک ژن گفته می گردد که طی این فرایند ژن از دی.ان.ای به آر.ان.ای تبدیل گردد و متعاقباً به یک توالی اسید آمینه تبدیل گردد که پروتئین از آن فراوری می گردد. روش معمول برای نقشه برداری از ژن ها در بافت، روش هیبریداسیون درجا است. این روش شامل نشانه گذاری یک ژن در یک بافت خاص با نشانگر فلورسنت است. سپس بخش ها،برش ها در زیر میکروسکوپ ویژه ای مورد آنالیز قرار می گیرد تا محققان روشن شدن ژن مذکور را مشاهده نمایند.

نقشه مکانی

تصاویر متوالی هر بخش با هم ترکیب می شوند و نقشه مکانی ژن در بافت را فراوری می نمایند. مشکل روش هایی که در آن از هیبریداسیون درجا استفاده می گردد این است که آنها احتیاج به تجهیزات تخصصی دارند اما با ظهور برش نگار، این روش دیگر استفاده نخواهد شد.

یافته های این مطالعه در مجله Nature Biotechnology منتشر شد.،مهر